1)瀬畑源『公文書をつかう―公文書管理制度と歴史研究』、青弓社、2011年11月
2)久保亨・瀬畑源『国家と秘密 隠される公文書』、集英社、2014年10月
3)吉田裕・瀬畑源・河西秀哉編『平成の天皇制とは何か―制度と個人のはざまで―』、岩波書店、2017年7月
4)瀬畑源『公文書問題―日本の「闇」の核心―』、集英社新書、2018年2月
5)瀬畑源監修・解説『昭和天皇戦後巡幸資料集成』、ゆまに書房、全18巻、2018年4月、9月、2019年3月
6)瀬畑源『公文書管理と民主主義 なぜ、公文書は残されなければならないのか』、岩波ブックレット、2019年5月
7)瀬畑源『国家と記録 : 政府はなぜ公文書を隠すのか?』、集英社新書、2019年10月
8)河西秀哉・瀬畑源・森暢平編『「地域」から見える天皇制』、吉田書店、2019年12月
9)古川隆久・茶谷誠一・冨永 望・瀬畑 源・河西秀哉・舟橋正真編『昭和天皇拝謁記 : 初代宮内庁長官田島道治の記録』全7巻、岩波書店、2021~23年